Säätiöiden ja rahastojen neuvottelukunnan hallitukseen kuuluu kahdeksasta kahteentoista jäsentä, jotka valitaan kolmivuotiseksi kaudeksi. Vähintään yksi jäsen on vuosittain erovuorossa. Tällä hetkellä jäseniä on yksitoista. Hallitusta johtaa puheenjohtaja varapuheenjohtajan avustuksella ja sihteerinä toimii Neuvottelukunnan toimitusjohtaja. Hallituksen jäsenet valitsee Neuvottelukunta syyskokouksessaan.
Hallitus vuonna 2011
ylh. vas. Seppo Pöyhönen, Arto Mäenmaa, Tuomo Lähdesmäki, Hannu Heikkilä, Kari Asp, Ralf Sunell, Antti Mykkänen, Paavo Hohti
alh. vas. Mervi Sibakov, Leif Sevón (poissa Katrina Harjuhahto-Madetoja ja Stefan Mutanen)
Presidentti Leif Sevón, puheenjohtaja
Sigrid Juséliuksen Säätiö
Asiamies Mervi Sibakov, varapuheenjohtaja
Teknologiateollisuuden 100-vuotissäätiö
Toimitusjohtaja Kari Asp
Liikesivistysrahasto
Kaupallisten ja teknillisten tieteiden tukisäätiö KAUTE
Asiamies Hannu Heikkilä
Alfred Kordelinin yleinen edistys- ja sivistysrahasto
Diplomi-insinööri Tuomo Lähdesmäki
Turun Yliopistosäätiö
Samfundet Folkhälsan
Asiamies Antti Mykkänen
Kunnallisalan Kehittämissäätiö
Asiamies Arto Mäenmaa
Jenny ja Antti Wihurin rahasto
Asiamies Seppo Pöyhönen
Suomen Lääketieteen Säätiö
Suomen Kulttuurirahasto
Hallituksen sihteeri
Toimitusjohtaja Paavo Hohti
Säätiöiden ja rahastojen neuvottelukunta ry.